日高振興局は、複雑・多様化する今日の行政課題に地域において総合的に対処するため、 それまでの日高県事務所、御坊土木事務所、日高福祉事務所、椿山ダム管理事務所等を整理・統合して、平成10年4月に誕生しました。

現在までの主な沿革は、次のとおりです。
 

• 昭和17年7月1日

　日高地方事務所が設置され、総務課、学務課、林務課、経済課、土木課の5課が置かれた。

• 昭和21年1月1日

　日高地方事務所土木課が廃止され、御坊土木出張所が設置された。

• 昭和22年4月1日

　日高地方事務所に税務課、民生課、農地課の3課が増設された。

• 昭和29年4月1日

　日高地方事務所農地課が廃止され、農地事務所が設置された。

• 昭和36年8月25日

　御坊出納分室が廃止され、日高地方事務所に会計課が設置された。

• 昭和41年11月5日

　現総合庁舎本館の建設起工。

• 昭和42年7月21日

　現総合庁舎本館の建設竣工。

• 昭和42年7月29日

　旧庁舎から移転完了。

• 昭和43年8月28日

　機構改革により、地方事務所、農地事務所が廃止され、日高県事務所が設置された。

　（総務課、会計課、税務課、民生課、産業課、林務課、農地課、かんがい排水課）

　日高農業改良普及所、御坊龍神林業改良普及所、日高福祉事務所が設置された。

• 昭和45年8月29日

　機構改革により日高県事務所に林業指導課が設置された。

　御坊龍神林業改良普及所が廃止され、林業改良指導員駐在所が5箇所に設置された。

• 昭和48年6月28日

　日高県事務所総務課に県民生活室が設置された。

• 昭和49年7月2日

　機構改革により県民生活課が設置された。

• 昭和57年6月1日

　機構改革により県民生活課が廃止された。

• 昭和59年6月1日

　機構改革によりかんがい排水課が廃止された。

• 昭和60年6月1日

　機構改革により林業指導課が廃止された。

• 昭和63年12月1日

　総合庁舎分館の増築竣工。民生課が移動した。

• 平成6年2月8日

　総合庁舎別館竣工

• 平成9年4月1日

　機構改革により地域行政室が新設され、民生課が日高福祉事務所として御坊保健所棟へ移転した。

• 平成10年4月1日

　機構改革により日高県事務所、日高福祉事務所、日高地域農業改良普及所、御坊土木事務所、椿山ダム管理事務所が日高振興局として統合され、県民行政部、 健康福祉部、農林水産振興部、建設部の4部が設置された。

• 平成12年4月1日

　機構改革により健康福祉部が再編され、総務課、生活福祉課、健康推進課、衛生環境課の4課が設置された。

建設部内に切目川ダム建設事務所、日高港建設事務所が設置された。また、同部所管の近畿自動車道紀南高速事務所が県庁道路整備課直轄組織に変更された。

• 平成14年4月1日

　機構改革により係制が廃止され、グループ制が導入された。県民行政部会計課が廃止され、出納室日高分室が設置された。

• 平成15年4月1日

　機構改革により建設部に農林道課が設置された。また、農林水産振興部農地課南部駐在が廃止された。

• 平成17年4月1日

　機構改革により農林水産振興部に農林水産課が設置された。日高地域農業改良普及センターが廃止され、農業普及課が設置された。

• 平成17年5月1日

　市町村合併に伴い、建設部龍神駐在が西牟婁振興局へ移管、龍神詰所の一部が日高川詰所となった。

• 平成18年4月1日

　機構改革により県民行政部が廃止、振興局長直轄の総務室が設置された。

　健康福祉部が再編され、総務健康安全課、保健福祉課、衛生環境課の3課となった。

　農林水産振興部が再編され、産業振興部に改称し、産業総務課、農業振興課、林務課、農地課の4課となった。

　建設部が再編され、総務管理課、事業調整課、用地課、道路課、道路整備課、河港課の6課となった。

• 平成20年4月1日

　機構改革により総務室が総務企画室に変更された。

• 平成21年4月1日

　機構改革により総務企画室、産業振興部が廃止、地域振興部が設置された。

　建設部が再編され、総務調整課、用地・管理課、道路課、河港課の4課となった。

• 平成27年4月1日

　機構改革により切目川ダム建設事務所が廃止された。

• 平成28年4月1日

　機構改革により、農林水産振興部を設置、所掌事務の見直しが行われた。

　地域振興部：総務県民課、企画産業課

　農林水産振興部：農業水産振興課、林務課、農地課

• 平成29年4月1日

　機構改革により、建設部各課にまたがっていた管理業務と保全業務を集約し、管理保全課を設置。

　建設部：総務調整課、用地課、管理保全課、道路課、河港課、椿山ダム管理事務所管理課

• 令和2年4月1日

　機構改革により、  健康福祉部内の課の名称、所掌事務の見直しが行われ、総務福祉課、保健課を設置。

　健康福祉部：総務福祉課、保健課、衛生環境課

• 令和4年4月1日  

    機構改革により、地域振興部に地域課が設置され、所掌事務の見直しが行われた。
　地域振興部：総務県民課、企画産業課、地域課