平成18年度

• くろしおふれあい講座
• 漁場効果調査事業
• 日本周辺国際魚類資源調査委託事業
• 海色画像などを使った漁場探索の高度化技術開発と運用
• 漁業資源・漁場調査と情報提供事業
• 広域沿岸海況の短期変動予報事業
• 資源管理体制・機能強化総合対策事業(イサキ)
• 資源管理体制・機能強化総合対策事業(タチウオ)
• 養殖衛生管理体制整備事業(海面)
• 海産魚白点病の防除対策の開発
• 定着性魚類贈養殖技術開発事業
• 環境負荷低減型配合飼料の開発
• 複合養殖実証試験
• 栽培漁業推進対策事業
• 緊急磯焼け対策モデル事業
• ヒロメ産品化促進事業
• ナノ空間吸着剤による漁場浄化
• 生物モニタリング調査
• アマモ場・干潟の基礎的機能解明調査
• 養殖漁場環境保全推進対策委託事業(養殖漁場の海域特性と漁場環境との間の定量的関係の解析)
• 養殖衛生管理体制整備事業(内水面)
• アユ資源モニタリング事業(野外冷水病調査)
• アユ資源モニタリング事業(資源調査)

平成19年度

• アユ資源モニタリング事業（資源調査）
• アユ資源モニタリング事業（野外冷水病調査）
• 資源管理体制・機能強化総合対策（イサキ）
• 定着性魚類増養殖技術の開発
• クエ種苗生産安定化技術の開発
• くろしおふれあい講座
• 資源管理体制・機能強化総合対策（タチウオ）
• ナノ空間吸着剤による漁場浄化
• より環境負荷の低い配合飼料の開発
• 関東・東海海域における沿岸海況の短期予報研究
• 漁業資源・漁場調査と情報提供事業
• 漁場効果調査事業
• 栽培漁業推進対策事業
• 持続的養殖生産・供給推進委託事業（より環境に優しい漁場の利用・管理方法の開発）
• 海産魚白点病の防除対策の開発
• 持続的養殖生産・供給推進委託事業（複合養殖による漁場環境安全手法の開発）
• 日本周辺国際魚類資源調査委託
• シラスの漁場形成機構の解明と漁業者への情報提供事業
• 養殖衛生管理体制整備事業
• 養殖衛生管理体制整備事業（海面）
• 造成藻場食害対策試験